Температура водных масс Балтийского моря невелика. В летнее время в акватории Финского залива она доходит до +17°. Воды Ботнического залива прогреваются до +9-13°. В центральной части акватории температура воды достигает +14-17°.
В зимнее время температурный режим поверхностных вод поддерживается на уровне +3-5°.
С глубиной температурные показатели падают до +0,2°. У дна температура в пределах +4-5°.