Енисей насчитывает около 500 притоков.
Самые крупные левые притоки:
- Абакан.
- Грязнуха.
- Хемчик.
- Кемь.
- Кантегир.
- Турухан.
- Сым.
- Дубчес.
Самые крупные правые притоки:
- Ангара.
- Нижняя Тунгуска.
- Подкаменная Тунгуска.
- Мана.
- Сисим.
- Ус.
- Дудинка.
- Большой Пит.
- Хантайка.