В организации действует Координационный секретариат НАФТА. Он состоит из трёх национальных секций. В них включены эксперты всех трёх стран-участниц. Секции действуют постоянно. Они расположены в столицах: Оттаве, Мехико и Вашингтоне.
Штаб-квартиры в полном смысле слова нет.