Самые глубокие озёра имеют тектоническое происхождение. Они образовались в разломах земной коры, которые могут уходить очень глубоко. Так средняя глубина Байкала составляет 744 м.
На втором месте по глубине можно расположить вулканические озёра. Они образуются в кратере потухших вулканов, глубина некоторых достигает 500 м.
Карстовые озёра образовались в районах, где залегали водорастворимые породы. Они были вымыты, грунт просел. Самое глубокое карстовое озеро имеет глубину 339 м.
Моренные озёра образовались надвигающимся ледником. Глубина их небольшая.