Река Енисей выполняет функцию главного водного пути в Красноярском крае. Грузы перевозятся водным путём до Дудинки. В Туве действует местное судоходство.
На реке построены 3 электростанции. По Енисею проводится сплав леса. Города, расположенные по реке, ведут водозабор воды. Используется река и для рыболовства.