Балтийское море является шельфовым, поэтому имеет небольшие глубины. Для него отмечают среднее значение в пределах 51 м. В море встречаются отмели или банки глубиной всего до 12 м, а также котловины до 200 м. глубиной.
Ландсортская впадина считается самой значительной. Её глубина равна 470 м.
Самые большие значения глубин в Ботническом заливе 293 м. В Финском заливе средние значения достигают 38 м, наибольшая глубина 121 м.