Основными проблемами научного комплекса считают:
- Отсутствие чёткой государственной политики по вопросы структуры, регулирования и функционирования научного комплекса и всех его подразделений.
- Недостаточное финансирование комплекса в целом.
- Слабый уровень развития инновационной системы.
- Неэффективные способы регулирования научного комплекса Российской Федерации.
- Снижение престижа профессионального статуса «научный работник».
- «Утечка мозгов» – процесс, который заключается в переманивании за рубеж высокопрофессиональных кадров.
- Нерешённость социальных проблем персонала комплекса.