Размножение амебы обыкновенной происходит за счет митотического деления клетки. Такой способ деления называется простым. Во время его происходит деления простейшего на две одинаковые части. Это бесполое размножение.
Когда наступают неблагоприятные условия, амёба прекращает питаться, ее тело принимает округлую форму и все ложноножки втягиваются к центру клетки, а на поверхности формируется крепкая защитная оболочка, именуемая цистой. Внутри цисты амёба способна переносить неблагоприятные факторы окружающей среды: холодное время года (морозы) и пересыхание водоемов от жары и засухи. В случае плохих условий обитания амеба прибегает к половому размножению.