Выберет – глагол, который состоит из:
- приставки “вы-“;
- корня “-бер-“;
- окончания “-ет”.
Правило чередования гласных “е” и “и” в корнях “-бер-” и “-бир-” гласит: если в слове есть суффикс “-а-“, в корне пишется буква “и”.
В глаголе “выберет” нет суффикса “-а-“, поэтому в корне пишется гласная “е”.