“Вообще-то” выполняет функцию вводного слова и частицы.
1. Мы, вообще-то, уже давно вас ждем.
Вводное слово, которое можно заменить на “вообще говоря”, нужны запятые.
2. Она вообще-то была хорошим человеком, но сегодня поступила отвратительно.
Частица, запятые не требуются. Используется для противопоставления предложений либо его частей.