Выражение «в счет» всегда пишется раздельно, так как состоит из предлога и существительного. Не существует ситуаций, при которых предлог и существительное пишутся вместе. Также в предложении это словосочетание может выступать в роли наречия. Путаница с написанием может возникнуть из-за аналогии со словами «вследствие» и «в течение», которые являются производными предлогами.