Правильно будет произносить «сантимЕтр». В данном слове ударение падает на 3-й слог с буквой «е». Распространенный в разговорной речи вариант «сантИметр» является ошибочным. Аналогично ударение ставится и в других словах, заканчивающихся на «метр»: миллимЕтр, сантимЕтр, децимЕтр.