Главный герой повести должен был перейти на сторону бунтовщика, потом бы его казнили за измену. Изучая исторические документы, Пушкин нашел записи о дворянах, которые подозревались в измене, но были оправданы. Это изменило первоначальный замысел.
В повести появилось два героя, имеющих реальных прототипов: Гринев и Швабрин. По одной из версий прототипом Гринева стал офицер Башарин. Он был взят в плен пугачевцами, но сумел бежать и поступил на службу к генералу Михельсону.
По другой версии фамилия героя была встречена автором в списке банды изменников, которые после проведения следствия оказались непричастны к делам Пугачева и были оправданы. Алексей Матвеевич Гринев был обвинен в связях с бунтовщиками по ложному оговору крестьянина Неустроева. Очная ставка с Пугачевым подтвердила невиновность Гринева.