Базаров родился в семье полкового лекаря Василия Базарова и Арины Власьевны, дворянки из обедневшего рода. Отец дослужился до VIII чина и получил право на потомственное дворянство, но случилось это намного позднее рождения сына. По материнской линии дворянство по наследству не передавалось, поэтому Евгений по своему происхождению является разночинцем.