Реформы Петра I не ограничивались только мирскими вопросами, коренным образом было реформировано церковное управление.
Организация церкви после реформ выглядела следующим образом:
- В 1700 году главой патриаршего престола был утвержден Стефан Яворский (заменил патриарха Адриана после его кончины) и занимал эту должность до октября 1721 года.
- Восстановлен Монастырский приказ, просуществовавший до 1725 года и позже преобразованный в Камер-контору Святейшего Синода.
- В 1721 году состоялось открытие Духовной коллегии (позже переименованной в Святейший Правительствующий Синод). Последний также возглавил Стефан Яворский, занимавший пост президента с февраля 1721 по ноябрь 1722 года.